بیوانفورماتیک: بانک های اطلاعاتی
NAR Database Summary Paper Category List
لیست کاملی از بانکهای اطلاعاتی تحت عناوین زیر در فهرست سالانه خلاصه بانک اطلاعات پایگاه داده NAR گنجانده شده است:
نکته: برای دسترسی به تمام دیتابیس ها وارد لینک NAR شده و روی هر موضوع می توانید کلیک کنید.
- پایگاه داده های توالی نوکلئوتیدی
- بانک اطلاعاتی توالی RNA
- بانکهای اطلاعاتی توالی پروتئین
- بانک اطلاعاتی ساختار
- بانکهای اطلاعاتی ژنومیک (غیر مهره دار)
- مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ
- انسان و سایر ژنوم های مهره دار
- ژنها و بیماریهای انسانی
- Microarray Data و سایر پایگاههای داده بیان ژن
- منابع پروتئومیکس
- سایر بانکهای اطلاعاتی زیست شناسی مولکولی
- پایگاه داده های ارگانل
- پایگاه داده های گیاهی
- بانک اطلاعاتی ایمونولوژیک
- زیست شناسی سلولی
The Online Bioinformatics Resources Collection
مجموعه منابع بیوانفورماتیک آنلاین (OBRC) حاوی حاشیه نویسی ها و پیوندها برای هزاران پایگاه داده و ابزارهای نرم افزاری بیوانفورماتیک است. توسط کتابخانه علوم بهداشتی دانشگاه پیتزبورگ ساخته شده است.
The National Center for Biotechnology Information
مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی شامل منابع تجزیه و تحلیل و بازیابی شاملGeneBank ، Entrez MyNCBI ، PubMed ، BLAST ، PCR الکترونیکی، Cancer Chromosomes را ارائه می دهد.
The European Bioinformatics Institute
موسسه بیوانفورماتیک اروپا یک گره اروپایی برای جمع آوری و انتشار داده های بیولوژیکی است. برخی از ابزارهای آن عبارتند از: برنامه های BLAST یا FASTA برای تشابه توالی- تجزیه و تحلیل همسانی. InterProScan برای تحلیل موتیف ها؛ ClustalW2 برای تراز توالی. MSD برای پرس و جو و مقایسه ساختار پروتئین.
The Cancer Genome Atlas (TCGA)
اطلس ژنوم سرطان (TCGA)، همکاری بین انستیتوی ملی سرطان (NCI) و انستیتوی ملی تحقیقات ژنوم انسان (NHGRI)، با هدف تولید نقشه های جامع و چند بعدی از تغییرات کلیدی ژنومی در انواع عمده و زیرگروه های سرطان است.
cBioPortal for Cancer Genomics
cBioPortal برای ژنومیک سرطان؛ تجسم، تجزیه و تحلیل و بارگیری مجموعه داده های ژنومیک سرطان در مقیاس بزرگ را فراهم می کند.
https://discover.nci.nih.gov/cellminer/home.do
CellMiner یک برنامه وب است که توسط Genomics & Bioinformatics Group ، LMP ، CCR ، NCI تولید شده است که سیستم های زیست شناسی را از طریق بازیابی و ادغام مجموعه داده های مولکولی و دارویی برای رده های سلولی NCI-60 تسهیل می کند.
پایگاه های مرتبط با گیاه:
SoyBase
SoyBase، بانک اطلاعاتی ژنتیکی سویا USDA-ARS، یک مخزن جامع برای ژنتیک دارای مهارت حرفه ای، ژنومیک و منابع داده های مرتبط برای سویا است.
SALAD
SALAD یک پایگاه داده مبتنی بر موتیف از حاشیه نویسی پروتئین برای ژنومیک مقایسه گیاه است. حاوی اطلاعات مربوط به مجموعه داده های پروتئوم از برنج، درت خوشه ای، Arabidopsis thaliana ، انگور، لیکوفیت، خزه، جلبک و مخمر است.
The Plant Transcription Factor Database
بانک اطلاعات فاکتور رونویسی گیاه (PlnTFDB) مجموعه کاملی از فاکتورهای رونویسی (TF) و سایر تنظیم کننده های رونویسی را در گونه های گیاهی که ژنوم آنها کاملاً توالی یابی و حاشیه نویسی شده است فراهم می کند.
The Plant microRNA Database (PMRD
بانک اطلاعات میکرو آر ان ای گیاه (PMRD) داده miRNA گیاه موجود در بانکهای اطلاعاتی عمومی، جمع آوری شده از منابع چاپی و داده های تولید شده در خانه را ادغام می کند.
.....
UCSC Genome Bioinformatics Site
سایت بیوانفورماتیک ژنوم UCSC شامل توالی مرجع و مجامع کار پیش نویس برای مجموعه بزرگی از ژنوم ها است. همچنین پرتال ها را به پروژه های ENCODE و Neandertal ارائه می دهد.
Araport
Araport یک مرکز خرید ژنتیک Arabidopsis thaliana است. Araport گزارشهای ژن و پروتئین را با ارتولوژی، بیان، تعامل و جدیدترین حاشیه نویسی، به علاوه ابزارهای آنالیز، برنامه های جامعه و خدمات وب ارائه می دهد. آرا پورت 100٪ رایگان و منبع باز است. اعضای ثبت نام شده می توانند تجزیه و تحلیل خود را ذخیره کنند، برنامه های علمی منتشر کنند و اعلان هایی ارسال کنند.
منبع:
https://guides.lib.purdue.edu/c.php?g=352932&p=2378154
